Quá trình Fenton thúc đẩy sự phân hủy các chất hữu cơ trong nước thải công nghiệp, do đó làm giảm hiệu quả nồng độ độc hại sinh học trong nước thải và có thể cải thiện chất lượng nước để cải thiện khả năng sinh hóa của nước thải. Nhưng sản xuất công nghiệp khác nhau sẽ tạo ra các loại nước thải công nghiệp khác nhau, có chứa các chất hữu cơ và các chất độc hại thành phần phức tạp, do đó, việc sử dụng quá trình Fenton để xử lý nước thải công nghiệp khác nhau cũng sẽ xuất hiện một sự khác biệt nhất định về hiệu quả, điều này là do các thành phần khác nhau của chất hữu cơ trong số lượng khác nhau của chất Fenton dưới tác động của phản ứng khác nhau, đồng thời trong phản ứng hỗn hợp của chất hữu cơ và thuốc thử Fenton, các phân tử sẽ xuất hiện hiện tượng khử hydro, làm cho cấu trúc C-C bị phá vỡ chuỗi. Ví dụ, nước thải công nghiệp được xử lý có chứa nhiều phân tử hòa tan trong nước hoặc các hợp chất ethylene, thì dưới tác dụng của thuốc thử Fenton, nó dễ dàng tạo ra chuỗi gốc tự do gốc hydro, do đó ảnh hưởng đến hiệu quả thực tế của việc xử lý Fenton.

Nước thải nhuộm được sản xuất bởi nhuộm công nghiệp, thành phần sắc tố trong nước thải của nó rất cao, kết tủa sắc tố rất ô nhiễm đối với các vùng nước khác, và hàm lượng muối của những nước thải này rất cao, điều này cũng làm cho tính sinh hóa của nước thải nhuộm công nghiệp yếu hơn. Từ kết quả xử lý của công nghệ xử lý thông thường, nồng độ nhu cầu oxy của nước thải nhuộm quá cao, vì vậy hiệu quả và hiệu quả xử lý không như mong muốn. Ưu điểm của quy trình Fenton là khả năng phân hủy dần dần các chất hữu cơ này thành các chất có thể phân hủy, quá trình xử lý này cung cấp một cách quan trọng để xử lý hiệu quả nước thải in và nhuộm. Quá trình Fenton trong quá trình oxy hóa mạnh mẽ có thể làm giảm đáng kể độ màu tổng thể của thuốc nhuộm nước thải in và nhuộm, hiện nay nhiều nhà máy xử lý trong xử lý nước thải in và nhuộm, ngoài việc sử dụng quy trình Fenton chung, cũng sử dụng các quá trình khác có nguồn gốc từ quá trình Fenton, chủ yếu là để phát huy đầy đủ các đặc tính oxy hóa mạnh mẽ của nó, chẳng hạn như hiện nay nhiều nhà máy xử lý nước thải thường sử dụng quá trình oxy hóa vi điện phân, nhuộm anthraquinone khó phân hủy nhất trong nước thải in và nhuộm để vi điện phân, có thể tối đa hóa các chất hữu cơ trong nước thải nhuộm anthraquinone.